Как выплатить недостачу после увольнения работника и имеет ли право работодатель задерживать трудовую книжку?

Работодатель не имеет право задерживать выдачу трудовой книжки. Книжка, а также окончательный расчет должны быть выданы работнику в последний день работы. Что касается возмещения ущерба, то если с работником на законных основаниях заключен договор о полной материальной ответственности, то он должен нести эту ответственность, но в любом случае исключительно при наличии вины в недостаче. Порядок взыскания ущерба работодателем с виновного работника установлен ст. 248 Трудового кодекса РФ. Частью первой указанной статьи предусмотрено, что взыскание с виновного работника суммы причиненного ущерба, не превышающей среднего месячного заработка, производится по распоряжению работодателя. Возможность такого взыскания не поставлена в зависимость от того, согласен работник возместить ущерб или нет. Взыскание причиненного работодателю ущерба, размер которого превышает средний месячный заработок работника, также может осуществляться во внесудебном порядке, но при условии согласия работника добровольно возместить ущерб.

При этом соответствующее распоряжение работодателя должно быть сделано не позднее одного месяца со дня окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба. При пропуске этого срока взыскание может осуществляться только судом (части первая и вторая ст. 248 Кодекса).

таким образом в Вашей ситуации в отсутствие согласия работника взыскание может производиться только в судебном порядке. Обратите внимание, что срок предъявления в суд требований о взыскании ущерба согласно ст. 392 Трудового кодекса РФ ограничен и не может превышать одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.