Срок рассмотрения финансовых документов три года, применимо ли это положение в данном случае?

Я военнослужащий, подполковник. Достиг предельного возраста службы 8 лет назад служу по контракту, квартирой не обеспечен. Живу на квартире на условиях поднайма. Получаю компенсацию за наем жилья. В соответствии с требованиями приказа и правилами установленными в организации для оплаты этой компенсации пять лет назад заключил договор о найме жилья, с хорошим в то время знакомым однако в этой квартире не проживал, а проживал в другой квартире у родственников (у тёщи) в втроём с женой и ребенком в одной комнате перегороженной шифоньером, и оплачивая тёще свое проживание (заключать договор тёща не хотела). Когда срок действующего договора истекал я просто переписывал договор и сам ставил подписи за обе стороны, (т.е. по сути подделывал его), считая, что это формальный документ, т.к. я имею полное право на получение указанной компенсации, а за поднаём какой именно квартиры значения не имеет. Кроме того, в нашей организации это распространенная практика. После того, как я подал в суд заявление о защите своих прав (тоже по квартирному вопросу) и привлечение внимания к распределению квартир вероятно осложнило проведение махинаций, командование стало искать чем меня можно прижать и тут увидели такое положение, жилищная комиссия с участием военного дознавателя провели внутреннее расследование, пригрозили хозяину квартиры прокуратурой, налоговой инспекцией и тот вообще отказался от своего участия в составлении договора. Обращение в прокуратуру для командования результатов не принесло, там не усмотрели состава преступления, а вот суд взял дело к производству, от меня требуют возместить всю сумму компенсации за эти годы. В объективности суда есть серьезные сомнения, там присутствует коррупционная схема, однако доказать это практически невозможно. Адрес своего проживания я никогда не скрывал, во всех книгах адресов и в схеме оповещения был прописан адрес реального проживания. Правомерен ли такой подход со стороны командования: ссылаться на результаты расследования, хотя адрес реального проживания и адрес указанный в договоре были известны ещё пять лет назад, можно ли это рассматривать как пропуск сроков обращения в суд? Срок рассмотрения финансовых документов три года, применимо ли это положение в данном случае? Не носит ли в данном случае договор уведомительного характера, т.к. согласно приказу компенсация может выплачиваться не только на основе договора но и по рапорту непосредственного начальника?