Какие правильные шаги должен предпринять руководитель и главный бухгалтер, чтобы организацию допустили к торгам по 3-му лоту?

Из Вашего вопроса не понятно в каком же именно аукционе собиралась принимать участие Ваша организация, какова дата назначенных торгов, есть и у Вас возможность для исправления допущенной ошибки?

По общему правилу, одним из оснований по которому претендент не допускается для учатия в торгах является то, что:

не подтверждено поступление в установленный срок задатка на счета, указанные в информационном сообщении.

Перечень оснований для отказа является исчерпывающим.

Если же у Вас есть время для обжалования, возможность обжалования предусмотрена положением о проведении конкретного вида торгов, в которых принимаете участие, а также если продавцом по всем лотам (или 2 и 3) является одно и то же лицо, обжалуйте отказ, мотивируя тем, что на счета организатора поступила ВСЯ сумма, необходимая для участия в торгах по всем трем лотам.

Однако,насколько мне известно, существующие положения о проведении торгов не предусматривают подобного вида обжалований, хотя, как уже указано, не указан конкретный вид аукциона и не известны правила провдения такого аукциона.

По существующему общему порядку обжаловать в суде Вы сможете уже только результаты аукциона, к которому не допустили Вашу организацию, это позиция Высшего арбитражного суда, прилагаю выписку из Постановления Пленума ВАС, касающегося вопросов приватизации:

"При разрешении споров следует иметь в виду, что с требованиями о признании недействительными результатов конкурса или аукциона (протокола конкурсной комиссии или протокола о результатах аукциона) могут обращаться в арбитражный суд не только участники конкурса или аукциона, но и лица, которым было отказано в участии в конкурсе (аукционе). При этом незаконный отказ в участии в конкурсе (аукционе) может служить основанием для признания результатов конкурса (аукциона) недействительными. По данной категории споров соблюдение претензионного порядка не требуется".

Таким образом полагаю, что возможность судебного обжалования отказа к участию в торгах возникнет только после проведения указанных торгов.