Судьба пенсионных отчислений во время службы в вооруженных силах и органах МВД - пропадают ли они после ухода на гражданскую службу и будут ли учтены при начислении пенсии?

Никуда, просто не платятся. Пенсионные обязательства перед военнослужащими исполняются за счет федерального бюджета, а не ПФ.

Федеральный закон от 15 декабря 2001 г. N 167-ФЗ

"Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации"

(с изменениями от 29 мая, 31 декабря 2002 г., 23 декабря 2003 г., 29 июня, 20 июля, 2, 28 декабря 2004 г., 4 ноября 2005 г., 2 февраля, 27 июля 2006 г., 19 июля 2007 г., 30 апреля, 14, 22, 23 июля, 30 декабря 2008 г., 18, 24 июля 2009 г.)

"Статья 10. Страховые взносы в бюджет Пенсионного фонда Российской Федерации

1. Суммы страховых взносов, поступившие за застрахованное лицо в бюджет Пенсионного фонда Российской Федерации, учитываются на его индивидуальном лицевом счете.

2. Объектом обложения страховыми взносами и базой для начисления страховых взносов являются объект налогообложения и налоговая база по единому социальному налогу, установленные главой 24 "Единый социальный налог" Налогового кодекса Российской Федерации, с особенностями, предусмотренными пунктом 3 настоящей статьи.

3. В базу для начисления страховых взносов не включаются:

суммы денежного довольствия, продовольственного и вещевого обеспечения и иные выплаты, получаемые военнослужащими, лицами рядового и начальствующего состава органов внутренних дел Российской Федерации, федеральной противопожарной службы, лицами начальствующего состава федеральной фельдъегерской связи, сотрудниками уголовно-исполнительной системы, таможенных органов Российской Федерации и органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, имеющими специальные звания, в связи с исполнением обязанностей военной и приравненной к ней службы в соответствии с законодательством Российской Федерации;

суммы денежного содержания и иные выплаты, получаемые прокурорскими работниками;

суммы денежного содержания и иные выплаты, получаемые судьями федеральных судов и мировыми судьями".