Сейчас он вернулся и просит отца прописать его в квартиру, т.к. ему некуда больше прописываться.

Если квартира не приватизирована (т.е. не является частной собственностью)-она является муниципальной собственность. В связи с этим разговоры о том, что квартира "подарена" брату-это просто разговоры. Отец и брат вашего мужа являются нанимателями. Они вправе вселить в квартиру иных лиц как в качестве членов семьи, и в этом случае эти вселенные приобретают равные с нанимателями права и обязанности; могу вселить не в качестве членов семьи, и тогда эти вселенные прав на жилье не приобретают (имеют право пользоваться, обязаны оплачивать коммунальные услуги и т.п.) За вселением следует регистрация по месту жительства, а вто втором случае должно быть письменное соглашение между нанимателями и тем, кого они вселили.

Отец и брат могут дать согласие на регистрацию вашего мужа в квартире не по месту жительств, а по месту пребывания. В этом случае ваш муж также не приобретает прав на квартиру (отец и брат видимо этого боятся), но регистрация у него будет. На какой срок-это нужно им всем договариваться.

А еще лучше и прежне всего пойти вам с мужем на очную консультацию в юристу, поскольку в вашем деле нужно разбираться. Интересны в этом смысле ваши слова о том, что ваш муж "уезжал в другой город и был пропсан временно там.". Как это можно использовать-нужно смотреть на месте.