Может ли беременную сотрудницу уволить после трех месяцев работы?

Я считаю что не могут по общим основаниям, даже не смотря на то, что договор был срочным.

ст. 261 ТК РФ, Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

(в ред. Федерального закона от 12.11.2012 N 188-ФЗ)

В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности, а при предоставлении ей в установленном порядке отпуска по беременности и родам - до окончания такого отпуска. Женщина, срок действия трудового договора с которой был продлен до окончания беременности, обязана по запросу работодателя, но не чаще чем один раз в три месяца, предоставлять медицинскую справку, подтверждающую состояние беременности. Если при этом женщина фактически продолжает работать после окончания беременности, то работодатель имеет право расторгнуть трудовой договор с ней в связи с истечением срока его действия в течение недели со дня, когда работодатель узнал или должен был узнать о факте окончания беременности.

(часть вторая в ред. Федерального закона от 29.06.2015 N 201-ФЗ)

Здравствуйте. Если Вы подписали бессрочный трудовой договор (то есть в трудовом договоре не указан срок его действия) уволить Вас не смогут.