Как рассчитать неустойку по договору подряда в случае уменьшения суммы договора

Как рассчитать неустойку по договору подряда. Изначально сумма договора была 25 000 000. аванс 75%, 20% по факту выполненных работ, 5 % гарант удержание было много актов выполненных работ и начиная с октября 2014 г генподрядчик не платил за выполненные работы, т.к. сумма по договору уменьшилась за счет уменьшения объемов работ. Т.е но допсоглашение об уменьшении подписано только от 03.08.2015. вся сумма договора стала 23 000 000 неустойка За нарушение сроков оплаты неустойка 0,1 % от просроченной стоимости выполненных, но не оплаченных работ за каждый день просрочки. Как считать неустойку, если бы не было уменьшения суммы договора понятно... А вот как быть в этой ситуации.. Ведь получается что изначально был оплачен аванс, потом выполненные работы по актам не оплачивались долгое время, хотя не была известна новая уменьшенная сумма договора. Т.е по логике аванс был оплачен больше чем положено, но по документам за выполненные работы оплата должна была производится по актам выполненных работ. И лишь 03.08.2015 года появилось документальное подтверждение уменьшения суммы договора. Но в любом случае до сих пор недоплата со стороны Генподрядчика 2500 000 и платить он не торопиться. Хотим написать притензию, нужен расчет пени как рассчитать помогите.