В проектно-сметной документации было указанно, что работы должны проводится в строгом соответствии проекно-сметной документации.

Требовать ущерба можно с того по чьей вине произошел ущерб. В данном случае не ясно откуда такая щедрость у подрядной организации на ремонт кровли за свой счет? Как они могли ремонтировать кровлю без проекта? Заключалось ли дополнительное соглашение на ремонт кровли?

Для точного ответа эти вопросы требуют ответа.

В моей проктике был похожий случай.

Подрядная организация согласно проектно-сметной документации осуществляла ремонт кровли. В ходе ремонта несколько раз шел дождь и, как следствие, несколько раз заливало квартиру с верхнего этажа.

Хозяин квартиры подал в суд на подрядную организацию на возмещение ущерба.

В суде я доказал, что вины подрядной организации нет, т.к. для защиты кровли в ходе ремонта требуется специальная защитная пленка, которая не входила в сметную документацию и Заказчиком (управление жилщно-коммунального хозяйства) не оплачивалась. Ввиду чего защита кровли от осадков во время ремонта не входила в обязанности подрядчика, поэтому данные вид работ должен был проводиться организацией, на балансе которой находится данный дом, а именно - ЖЭК.

Решением суда (правда апелляционной инстанции), было вынесено решение об отказе в удовлетворении исковых требований.

Я это рассказал для того, чтобы Вы понимали, что разные бывают ситуации. Поэтому Ваш вопрос требует детальнейшего изучения.

Удачи.