Магазин строит склад смешанного назначения под одной крышей, но сталкивается с препятствиями при согласовании документов и дизайне входов.

Вариант только узаконить через суд согласно ст. 222 ГК РФ.

Легализуйте через судебные органы .Суд вполне может принять Вашу позицию. Судебный порядок легализации строений (подп. 3 п. 1 ст. 8 ГК РФ, согласно которому одним из оснований для возникновения гражданских прав и обязанностей является судебное решение. Редакция Закона № 93-ФЗ относительно пункта 3 ст. 222 ГК РФ предусматривает возможность приобретение права собственности на самострой за лицом, которое обладает правом собственности или правом наследуемого владения или правом бессрочного пользования земельным участком. Если в судебном порядке будет доказано, что у Вас есть право на землю, а возведенная постройка не создает угрозу здоровью и жизни граждан, а также не нарушает интересы и права третьих лиц, судебное решение будет принято вВашу пользу.

Согласно ст. 263 ГК РФ собственник земельного участка имеет право возводить на нем сооружения или здания, а так же сносить или перестраивать их. Обязательным условием такого строительства является соблюдение строительных правил и норм. П. 1 ст. 222 ГК РФ самовольной постройкой признается любое недвижимое имущество, сооружение, строение или жилой дом, возведенные на земельном участке, не предназначенном для таких целей или без получения необходимых разрешений, а так же с существенным нарушение строительных и градостроительных норм и правил.