Как поступить, если сотрудник находящийся на временной замене также ушел в декрет?

Уволить можете только в связи с истечением срока договора. Должны оформить декрет. При выходе основного работника трудовой договор будет расторгнут.

ст. 79ТК РФ.

Трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.

ст. 261 ТК РФ.

Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности, а при предоставлении ей в установленном порядке отпуска по беременности и родам - до окончания такого отпуска.