Как прекратить слияние ООО должника перед физическим лицом для взыскания долга?

Процесс реорганизации ЮЛ вы не остановите.

При реорганизации юридического лица в форме слияния определение состава имущества и обязательств не требуется, поскольку объем прав и обязанностей, которые переходят к вновь возникшему юридическому лицу, определен законом. В соответствии с нормами ГК правопреемство, которое имеет место при реорганизации в такой форме, является универсальным. При слиянии юридических лиц права и обязанности каждого из них переходят к вновь возникшему юридическому лицу в полном объеме.

Статья 58. Правопреемство при реорганизации юридических лиц

1. При слиянии юридических лиц права и обязанности каждого из них переходят к вновь возникшему юридическому лицу в соответствии с передаточным актом.

При соблюдении закона, ваш должник, принявший решение о слиянии, обязан был провести общее собрание учредителей, утвердить и заключить договор о слиянии, в котором должны быть предусмотрены все условия, уведомить о предстоящем слиянии кредиторов, как предписывает ст. 60 ГК РФ (там имеются гарантии кредиторов), уведомить антимонопольный орган (если это подпадает под ФЗ "О защите конкуренции") и получить от него согласие.

Как я понимаю, вас никто не уведомлял. С одной стороны это нарушение закона. С другой, долг вам по этому основанию, никто не заплатит (имею ввиду должника впрямую).

Получив решение о взыскании, можете предъявлять свои требования вновь созданному ЮЛ, после слияния и регистрации этого ЮЛ. Невключение ваших требований в передаточный акт, препятствием для взыскания, служить не будет.

Вариант с банкротством - гиблый, ибо ЮЛ уже в стадии регорганизации, да и в процедуре банкротства вы явно махнете своему долгу рукой.