Как можно решить этот вопрос в случае если его жена будет против?

В этом вопросе ключевой момент вот какой - двухкомнатная квартира куплена в период брака, согласно нашему законодательству - все приобретенное в период брака принадлежит супругам в равных долях. Тот факт, что на покупку этой квартиры, возможно были затрачены деньги от продажи 1-комнатной приватизированной квартиры, которая принадлежала вашему отцу до брака не является бесспорным фактором. Так как в суде еще необходимо доказать это и порой это бывает сложно. Поэтому в данном случае его супруга юридические имеет право на половину, и соответственно ваш отец может распоряжаться только своей половиной, т.е если он составит завещание - то только эта часть будет наследственным имуществом.

Сразу уточню, что если ваш отец хочет перехода права собственности к вам только после своей смерти, то договор дарения не подходит. Только завещание.

Если все-таки при жизни отец вам захочет подарить квартиру - потребуется согласие от жены.

Поэтому если жена против - то сделать что-то врятли удастся, только выходить в суд и пытаться уменьшить ее долю, за счет того, что деньги были вложены неравнозначно. Но сразу скажу, это естественно вызовет конфликт в семье и стоит хорошо подумать, и не имеет гарантированного успеха в суде.