Где обратиться, чтобы проверили организацию, загрязняющую воздух в Москве?

В данном случае нарушается Закон "Об охране атмосферного воздуха". Здесь предусматривается уголовная ответственность.

Статья 251. Загрязнение атмосферы

[Уголовный кодекс РФ] [Глава 26] [Статья 251]

1. Нарушение правил выброса в атмосферу загрязняющих веществ или нарушение эксплуатации установок, сооружений и иных объектов, если эти деяния повлекли загрязнение или иное изменение природных свойств воздуха, -

наказываются штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо арестом на срок до трех месяцев.

2. Те же деяния, повлекшие по неосторожности причинение вреда здоровью человека, -

наказываются штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

3. Деяния, предусмотренные частями первой или второй настоящей статьи, повлекшие по неосторожности смерть человека, -

наказываются принудительными работами на срок от двух до пяти лет либо лишением свободы на срок до пяти лет.

Обратиться можете в Федеральную службу по надзору в сфере природопользования, которая осуществляет функции по контролю и надзору в сфере природопользования, охраны окружающей среды. Одним из направлений работы ведомства является ограничение негативного техногенного воздействия, в частности повышение эффективности государственного надзора в области охраны атмосферного воздуха.

Так же можете обратиться в Роспотребнадзор и Прокуратуру.