Как получить разрешение на реконструкцию нежилого помещения без наличия долей в здании и собственности на земельный участок?

значит вам нужно заявление не на реконструкцию, а на перепланировку подавать

Вот так вот, сошлитесь на это письмо

МИНИСТЕРСТВО ЭКОНОМИЧЕСКОГО РАЗВИТИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО

от 14 апреля 2015 г. N Д23и-1578

О ГОСУДАРСТВЕННОМ КАДАСТРОВОМ УЧЕТЕ

ИЗМЕНЕНИЙ ПОМЕЩЕНИЙ В РЕЗУЛЬТАТЕ

ПЕРЕПЛАНИРОВКИ, РЕКОНСТРУКЦИИ

Государственный кадастровый учет изменений и (или) постановка на учет помещений в нежилых зданиях (сооружениях) в связи с их "перепланировкой" осуществляется в соответствии с техническим планом, подготовленным на основании документов о реконструкции здания (сооружения) или его части.

Дополнительно в отношении государственного кадастрового учета нежилых помещений, осуществляемого в связи с разделом нежилого помещения по существующим строительным конструкциям, при котором не изменяется план этажа, план здания (сооружения), в котором такое помещение расположено (то есть, например, не осуществляется снос, замена, возведение строительных конструкций), а помещения, образуемые в результате такого раздела, соответствуют требованиям части 7 статьи 27 Закона о кадастре, отмечаем, что сведения о таких помещениях могут быть включены в технический план на основании декларации об объекте недвижимости, подготовленной в соответствии с приказом Минэкономразвития России от 13 декабря 2010 г. N 628. При этом в данном случае, при подготовке технического плана нежилого помещения при наличии отклонения суммарной площади образованных в результате раздела нежилых помещений от площади исходного нежилого помещения кадастровый инженер в разделе "Заключение кадастрового инженера" технического плана приводит необходимые расчеты и обоснование возникновения такого отклонения.