Как оформить упрощенное гражданство РФ на ребенка, находящегося в России, после истечения срока его РВП и смерти гражданина Германии - отца

Не обязательно в Германию.

Ребенку нужно выехать за пределы РФ и снова въехать обратно, для того чтобы снова пошел срок пребывания в РФ. Можно выехать и в Польшу и в Литву, а затем въехать обратно.

Обратитесь в УФМС к начальнику на личный прием. Учитывая ситуацию Вам возможно пойдут на встречу и оформят документы без фактического выезда ребенка за пределы РФ.