Можно ли предъявить исполнительный лист в банк, в котором у должника открыт транзитный рублевый счет?

Транзитный счет - это внутренний счет банка. Банк не исполнит исполнительный лист. Читайте мой ответ выше

Транзитный счет-это всегда технический счет, независимо от того, является ли он валютным или рублевым.

С учетом Вашего уточнения могу сказать, что если должник является бюджетным учреждением, тогда тем более нет смысла обращаться в банк, т.к. счета такого учреждения обслуживаются в органах Федерального казначейства.

В соответствии с п. 8 ст. 9.2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях" бюджетное учреждение осуществляет операции с поступающими ему в соответствии с законодательством Российской Федерации средствами через лицевые счета, открываемые в территориальном органе Федерального казначейства или финансовом органе субъекта Российской Федерации (муниципального образования) в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (за исключением случаев, установленных федеральным законом).

Орган Федерального казначейства по месту нахождения бюджетного учреждения, получивший исполнительный лист арбитражного суда и выявивший отсутствие у него лицевых счетов должника, должен сам установить надлежащий орган казначейства по месту открытия лицевого счета должника и направить в этот орган исполнительный лист для исполнения.

При отсутствии у должника лицевых (расчетных) счетов как в органах Федерального казначейства, так и в учреждениях Банка России или кредитных организациях исполнительный лист направляется для исполнения в орган Федерального казначейства по месту открытия счета главному распорядителю соответствующих средств федерального бюджета.