Администрация города насчитала пени в размере почти семьсот тысяч рублей после моего арендования помещения без оформленного дополнительного договора - могу ли я обратиться в суд или к прокурору? Как избеж

Я был ИП и у меня был договор на аренду помещения у администрации города я его зарегистрировал у государства в 2001 году и получил свидетельство на аренду помещения на 25 лет. Потом по дополнительному соглашению к этому договору я взял в аренду еще часть этого здания пошел регистрировать доп. соглашение, а государство сказала, что вторая часть помещения у администрации не оформлена. Я сказал в администрации, но они так его и не оформили. Я им платил за аренду с 2004 года по 2016 были оплаты не вовремя иногда задерживал особенно последних два года. Теперь бизнос закончил и сдал помещение администрации. За аренду я все оплатил полностью, а они мне насчитали пени почти семьсот тысяч и с меня требуют. Вопрос; в праве они это делать, дополнительный договор не зарегистрирован по вине администрации, в праве они были получать деньги в течении больше десять лет. И может я могу на них подать в суд или написать прокурору. Спасибо за ответ. Спасибо вы уже отвечали я понял, что могу обратится в суд, но меня очень интересует имели ли они право получать с меня деньги (да или нет может я могу у них попросить вернуть да еще и с пенями) Дайте точный ответ, что б я понял как не юрист а простой человек. Спасибо. Что мне правильно сделать и что б пени не платить или выйти из этого положения с наименьшими потерями. Спасибо.