Как поступить, если заемщик отказывается возвращать заложенные участки вместе с процентами по долгу в размере 1 млн. рублей?

Даже если была просрочка, при наличии возможности погасить долг, ни один суд не примет решения об обращении взыскания на предмет залога, т.е. не отберет у вас участки.

Но для этого необходимо грамотно защищать свои интересы в суде.

А сейчас могу порекомендовать направить официальное письмо кредитору о вашем намерении погасить долг и с просьбой сообщить реквизиты для платежа. Направлять ценным письмом с описью вложений и уведомлением о вручении.