Как правильно поступить, если ваша служба в ФМС упразднена и полномочия переданы в МВД во время вашего отпуска по уходу за ребенком?

Будете сокращены.В соответствии со ст. 261 ТК РФ Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

я подписала уведомление о сокращении должности и расторжении контракта.

---вы уже всё подписали. больше никак не сможете поступить. Согласно ст.180 ТК РФ При проведении мероприятий по сокращению численности или штата работников организации работодатель обязан предложить работнику другую имеющуюся работу (вакантную должность) в соответствии с частью третьей статьи 81 настоящего Кодекса.

Вас не имели права сокращать. Все сотрудники переходят в новую структуру. Просто смена вывески, не более. Зачем подписывали документы?

Вот выдержка из Указа

1. Упразднить Федеральную службу Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков и Федеральную миграционную службу.

2. Передать Министерству внутренних дел Российской Федерации:

а) функции и полномочия упраздняемых Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков и Федеральной миграционной службы;

б) штатную численность упраздняемой Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков;

в) штатную численность упраздняемой Федеральной миграционной службы, сократив ее на 30 процентов.

{Указ Президента РФ от 05.04.2016 N 156 "О совершенствовании государственного управления в сфере контроля за оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров и в сфере миграции" {КонсультантПлюс}}

Из данного указа следует, что никакой ликвидации нет, а происходит только сокращение на 30% .

Так как у Вас ребенку нет 3-х лет, то Вас сокращать не имеют права.

Расторжение трудового договора с женщиной, имеющей ребенка в возрасте до трех лет, с одинокой матерью, воспитывающей ребенка-инвалида в возрасте до восемнадцати лет или малолетнего ребенка - ребенка в возрасте до четырнадцати лет, с другим лицом, воспитывающим указанных детей без матери, с родителем (иным законным представителем ребенка), являющимся единственным кормильцем ребенка-инвалида в возрасте до восемнадцати лет либо единственным кормильцем ребенка в возрасте до трех лет в семье, воспитывающей трех и более малолетних детей, если другой родитель (иной законный представитель ребенка) не состоит в трудовых отношениях, по инициативе работодателя не допускается (за исключением увольнения по основаниям, предусмотренным пунктами 1, 5 - 8, 10 или 11 части первой статьи 81 или пунктом 2 статьи 336 настоящего Кодекса).

(часть четвертая в ред. Федерального закона от 12.11.2012 N 188-ФЗ)

ст. 261, "Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 30.12.2015) {КонсультантПлюс}