Какие действия командира и какие могут быть последствия за отказ в учебном отпуске?

Здравствуйте! Конечно, не законно.

Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 (ред. от 02.01.2016) "Вопросы прохождения военной службы" :

Статья 31. Порядок предоставления дополнительных отпусков

1. Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, предоставляются учебные отпуска для подготовки к вступительным экзаменам (экзаменам) и сдачи вступительных экзаменов (экзаменов):

а) в военно-учебные заведения, адъюнктуру, военную докторантуру и в период обучения в них;

б) в профессиональные образовательные организации, образовательные организации высшего образования с обучением без отрыва от исполнения служебных обязанностей (по заочной и очно-заочной форме обучения) и в период обучения в них.

(в ред. Указа Президента РФ от 01.07.2014 N 483)

2. Продолжительность учебных отпусков для подготовки к вступительным экзаменам (экзаменам) и сдачи вступительных экзаменов (экзаменов) в военно-учебные заведения и в профессиональные образовательные организации, образовательные организации высшего образования, а также в период обучения в них устанавливается в соответствии с федеральными законами и нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.

(в ред. Указа Президента РФ от 01.07.2014 N 483)

3. Для подготовки к вступительным экзаменам и сдачи вступительных экзаменов в адъюнктуру, военную докторантуру предоставляется учебный отпуск продолжительностью:

а) военнослужащим, допущенным к сдаче вступительных экзаменов, - 30 суток;

б) военнослужащим, поступающим с частично сданными кандидатскими экзаменами, - 10 суток на каждый оставшийся экзамен.

Военнослужащим, зачисляемым в адъюнктуру, военную докторантуру без сдачи вступительных экзаменов, учебный отпуск не предоставляется.

Основанием для предоставления учебного отпуска является извещение, подписанное начальником военно-учебного заведения или руководителем научной организации, о допуске военнослужащего к сдаче вступительных экзаменов.

(в ред. Указа Президента РФ от 01.07.2014 N 483)

4. Продолжительность учебного отпуска увеличивается на время проезда к месту нахождения военно-учебного заведения (научной организации) и обратно.

(в ред. Указа Президента РФ от 01.07.2014 N 483)