Действия налогового органа, связанные с отказом в регистрации заявления, поданного старым директором при смене руководства, и вынесением административного протокола, являются законными?

да, такое право у налоговой есть.

"Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях" от 30.12.2001 N 195-ФЗ (ред. от 02.06.2016) (с изм. и доп., вступ. в силу с 13.06.2016)

КоАП РФ, Статья 14.25. Нарушение законодательства о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей

(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 169-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

1. Несвоевременное или неточное внесение записей о юридическом лице в единый государственный реестр юридических лиц или об индивидуальном предпринимателе в единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей -

(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 169-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц органов, осуществляющих государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, в размере от одной тысячи до двух тысяч рублей.

(в ред. Федеральных законов от 08.12.2003 N 169-ФЗ, от 22.06.2007 N 116-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2. Незаконный отказ в предоставлении или несвоевременное предоставление содержащихся в едином государственном реестре юридических лиц или едином государственном реестре индивидуальных предпринимателей сведений и (или) документов либо иных предусмотренных законодательством о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей документов лицам, заинтересованным в получении таких сведений и (или) документов, за исключением случаев, предусмотренных частями 1 и 2 статьи 5.63 настоящего Кодекса, -

(в ред. Федеральных законов от 08.12.2003 N 169-ФЗ, от 03.12.2011 N 383-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц органов, осуществляющих государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, в размере от одной тысячи до двух тысяч рублей.

(в ред. Федеральных законов от 08.12.2003 N 169-ФЗ, от 22.06.2007 N 116-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Несвоевременное представление сведений о юридическом лице или об индивидуальном предпринимателе в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, в случаях, если такое представление предусмотрено законом, -

(в ред. Федерального закона от 30.03.2015 N 67-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

влечет предупреждение или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере пяти тысяч рублей.

(в ред. Федерального закона от 22.06.2007 N 116-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

4. Непредставление или представление недостоверных сведений о юридическом лице или об индивидуальном предпринимателе в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, в случаях, если такое представление предусмотрено законом, -

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от пяти тысяч до десяти тысяч рублей.

(часть 4 в ред. Федерального закона от 30.03.2015 N 67-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

5. Повторное совершение административного правонарушения, предусмотренного частью 4 настоящей статьи, а также представление в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, документов, содержащих заведомо ложные сведения, если такое действие не содержит уголовно наказуемого деяния, -

влечет в отношении должностных лиц дисквалификацию на срок от одного года до трех лет.

(часть 5 введена Федеральным законом от 30.03.2015 N 67-ФЗ)

6. Несвоевременное представление сведений о юридическом лице или об индивидуальном предпринимателе в Единый федеральный реестр сведений о фактах деятельности юридических лиц в случаях, если такое представление предусмотрено законом, -

влечет предупреждение должностных лиц или наложение административного штрафа на должностных лиц в размере пяти тысяч рублей.

(часть 6 введена Федеральным законом от 29.12.2015 N 391-ФЗ)

7. Непредставление или представление недостоверных сведений о юридическом лице или об индивидуальном предпринимателе в Единый федеральный реестр сведений о фактах деятельности юридических лиц в случаях, если такое внесение предусмотрено законом, -

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от пяти тысяч до десяти тысяч рублей.

(часть 7 введена Федеральным законом от 29.12.2015 N 391-ФЗ)

8. Повторное совершение административного правонарушения, предусмотренного частью 7 настоящей статьи, или внесение в Единый федеральный реестр сведений о фактах деятельности юридических лиц заведомо ложных сведений -

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от десяти тысяч до пятидесяти тысяч рублей или дисквалификацию на срок от одного года до трех лет.

(часть 8 введена Федеральным законом от 29.12.2015 N 391-ФЗ)