Правомерен ли отказ в выплате за найм жилья врачу в Костроме, у которого есть доля в квартире в другом городе?

Все зависит от того чем был регламентирован вопрос предоставления жилья. Если это только на словах и в трудовом договоре не было таких обязательств, то могли отказать (ст. 57 ТК РФ)

Если вопрос предоставления жилья решается на местном уровне в рамках какой то программы, то жилье супруга также могли учесть.

ЗАКОН КОСТРОМСКОЙ ОБЛАСТИ от 25 мая 2012 года N 230-5-ЗКО устанавливает, что

Ежемесячная денежная компенсация за наем жилого помещения выплачивается врачу-специалисту, не имеющему жилого помещения в населенном пункте по месту осуществления своей трудовой деятельности

Поэтому наличие жилья в другом населенном пункте является незаконным основанием для отказа в компенсации. Также надо внимательно изучить соответствуете ли Вы остальным критериям.

При устройстве на работу обещали компенсировать съем жилого помещения, так как я приехала из другой области, и жилья в Костроме нет.

---нужно было по этому поводу заключить трудовой договор. С обязательным условием компенсировать съем жилого помещения. И в этом случае вам не смогли бы отказать, а теперь не факт что вы что-то сможете доказать. Статья 421 ГК РФ. Свобода договора

1. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора. Понуждение к заключению договора не допускается, за исключением случаев, когда обязанность заключить договор предусмотрена настоящим Кодексом, законом или добровольно принятым обязательством. 2. Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами. 5. Если условие договора не определено сторонами или диапозитивной нормой, соответствующие условия определяются обычаями делового оборота, применимыми к отношениям сторон.

Мария, отказ неправомерен:

1. Ежемесячная денежная компенсация за наем жилого помещения выплачивается врачу-специалисту, не имеющему жилого помещения в населенном пункте по месту осуществления своей трудовой деятельности, если ему не было предоставлено жилое помещение специализированного жилищного фонда.

2. Не имеющим жилого помещения в населенном пункте по месту осуществления трудовой деятельности признается врач-специалист, являющийся нанимателем жилого помещения по договору найма жилого помещения частного жилищного фонда, заключенного в соответствии с гражданским законодательством:

1) не являющийся нанимателем жилого помещения по договору социального найма или членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственником жилого помещения или членом семьи собственника жилого помещения;

2) являющийся нанимателем жилого помещения по договору социального найма или членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственником жилого помещения или членом семьи собственника жилого помещения, но не имеющий возможности ежедневно возвращаться в указанное жилое помещение в связи с удаленностью места его нахождения от места осуществления трудовой деятельности.

3. В случае, если врач-специалист является нанимателем жилых помещений по нескольким договорам найма жилого помещения частного жилищного фонда, ему выплачивается ежемесячная денежная компенсация за наем жилого помещения по одному из таких договоров.