Какой налог мне придется заплатить при продаже коттеджа через 3 года после покупки?

Нет, к Вам будет применен 3 летний срок, налог платить не будете. Поскольку приобрели имущество до внесения изменений.

"Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" N 117-ФЗ (ред. от 03.07.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.10.2016)

КонсультантПлюс: примечание.

НК РФ Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период:

от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 настоящего Кодекса;

от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;

НК РФ Статья 217.1. Особенности освобождения от налогообложения доходов от продажи объектов недвижимого имущества

(введена Федеральным законом от 29.11.2014 N 382-ФЗ)

Путеводитель по налогам. Вопросы применения ст. 217.1 НК РФ

1. Освобождение от налогообложения доходов, указанных в абзаце втором пункта 17.1 статьи 217 настоящего Кодекса, получаемых физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период, а также определение налоговой базы при продаже недвижимого имущества осуществляется с учетом особенностей, установленных настоящей статьей.

2. Если иное не установлено настоящей статьей, доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

3. В целях настоящей статьи минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет три года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:

1) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;

2) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком в результате приватизации;

3) право собственности на объект недвижимого имущества получено налогоплательщиком - плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.

4. В случаях, не указанных в пункте 3 настоящей статьи, минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет пять лет.

5. В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7.

В случае, если кадастровая стоимость объекта недвижимого имущества, указанного в настоящем пункте, не определена по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на указанный объект, положения настоящего пункта не применяются.

6. Законом субъекта Российской Федерации вплоть до нуля для всех или отдельных категорий налогоплательщиков и (или) объектов недвижимого имущества может быть уменьшен:

1) минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества, указанный в пункте 4 настоящей статьи;

2) размер понижающего коэффициента, указанного в пункте 5 настоящей статьи.