Обвинение в незаконном получении заработной платы - как защитить себя и избежать повторной ошибки?

Меня приняли на работу (предприятие относится к Минобороны РФ), и руководитель, направил меня, на обучение по занимаемой должности. Пройдя обучение, я приступила непосредственно к своим обязанностям. По истечению 2-х лет замечаний к моей работе со стороны руководства не поступало. На предприятии прошла ревизионная проверка выше стоящей организацией на предмет соответствия сотрудников занимаемой должности. Проходила она в преддверии масштабного сокращения штатов. По окончанию проверки было выявлено, что, я и еще один сотрудник с нашего отдела не соответствуют занимаемой должности. С нас были взяты объяснительные с подробным описанием своей проведенной работе на этой должности. Было выписано предписание в виде штрафа (свыше 350 тыс. руб.). После мы были извещены руководителем, что он подает на нас в суд по поводу возмещения якобы незаконно уплаченной нам заработной платы. При этом сам руководитель обещает, что с нас высчитывать ничего не будет. Ему нужна формальность. Уважаемые юристы, подскажите, обязана ли я присутствовать на этом суде и должна ли я буду возвращать руководителю выплаченную мне заработную плату за спорный период? И ВОТ СНОВА! У меня снова такая же ситуация, что называется - дважды на одни и те ж грабли наступить. При сокращении мне было предложена должность, по которой снова нужно пройти обучение. В должность я не вступила, ушла в очередной отпуск (принята переводом). Обучение я заканчиваю. Приступаю к исполнению непосредственных прямых обязанностей. Подскажите, как в этом случае себя обезопасить от повторной ситуации? Неужели мне придется уволиться, чтобы, избежать снова такой ситуации? С уважением Елена.