Работодатель пытается удержать 46000 из зарплаты, связывая это с ошибкой в выплате в 2014 году - законно ли это?

Нет, если не была допущена счетная ошибка.

При этом следует учитывать, что в соответствии с ч. 3 ст. 137 ТК РФ удержание производится при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.

Работодатель хочет удержать из зарплатных выплат 46000, мотивируя это тем, что в 2014 году в марте по своей ошибке выплатил мне 46000 второй раз. Первая выплата была в феврале 2014 при моем увлльнении, тоесть вторую выплату он сделал когда я уже не работал. Повторно устроившись в 2016 в октябре я узнал об этом. Законны ли эти удержания?

Да, законно, поскольку фактически это является неосновательным обогащением.

Работодатель упустил месячный срок для удержания, предусмотренный ст. 137 Трудового кодекса Российской Федерации от 30.12.2001 N 197-ФЗ:

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);

при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.

В случаях, предусмотренных абзацами вторым, третьим и четвертым части второй настоящей статьи, работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.

Иван, к ответам коллег, чтобы их не повторять, мону добавить, что с случае незаконного удержания из зарплаты Вы вправе обратиться в суд с иском о вщыскании этих сумм.