Как продлить срок разрешения на строительство при нарушении предельных размеров площади застройки?

Нет у Вас вариантов. Оформляйте землю чтобы хоть что то можно было сделать. Объект могут в таком случае обязать снести на основании ст. 222 ГК РФ.

Очевидно, что то, что Вы построили является самовольной постройкой с позиции ст. 222 ГК РФ, подлежащей сносу за Ваш счет. Полагаю, что разрешение на строительство изменить не сможете, поэтому пробуйте признать в суде право собственности на самовольную постройку.

Попробуйте вначале получить разрешение на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства. Затем обращайтесь за продлением срока разрешения на строительство (ст.51 ГрСК)

При невозможности - в суд.

ГрК РФ, Статья 40. Отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства

1. Правообладатели земельных участков, размеры которых меньше установленных градостроительным регламентом минимальных размеров земельных участков либо конфигурация, инженерно-геологические или иные характеристики которых неблагоприятны для застройки, вправе обратиться за разрешениями на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства.

2. Отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства разрешается для отдельного земельного участка при соблюдении требований технических регламентов. Отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства в части предельного количества этажей, предельной высоты зданий, строений, сооружений и требований к архитектурным решениям объектов капитального строительства в границах территорий исторических поселений федерального или регионального значения не допускается.

(в ред. Федерального закона от 30.12.2015 N 459-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Заинтересованное в получении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства лицо направляет в комиссию заявление о предоставлении такого разрешения.

4. Вопрос о предоставлении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства подлежит обсуждению на публичных слушаниях, проводимых в порядке, определенном уставом муниципального образования и (или) нормативными правовыми актами представительного органа муниципального образования с учетом положений, предусмотренных статьей 39 настоящего Кодекса. Расходы, связанные с организацией и проведением публичных слушаний по вопросу о предоставлении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства, несет физическое или юридическое лицо, заинтересованное в предоставлении такого разрешения.

5. На основании заключения о результатах публичных слушаний по вопросу о предоставлении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства комиссия осуществляет подготовку рекомендаций о предоставлении такого разрешения или об отказе в предоставлении такого разрешения с указанием причин принятого решения и направляет указанные рекомендации главе местной администрации.

6. Глава местной администрации в течение семи дней со дня поступления указанных в части 5 настоящей статьи рекомендаций принимает решение о предоставлении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства или об отказе в предоставлении такого разрешения с указанием причин принятого решения.

7. Физическое или юридическое лицо вправе оспорить в судебном порядке решение о предоставлении разрешения на отклонение от предельных параметров разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства или об отказе в предоставлении такого разрешения.

Подавайте в суд о признании незаконными отказов уполномоченного органа в переоформлении разрешений на строительство, поскольку градостроительное законодательство не содержит запрета на внесение изменений в разрешение на строительство в связи с изменением проектной документации

Как указал Верховный Суд РФ перечисленные в частях 21.5-21.7, 21.9 статьи 51 Градостроительного кодекса Российской Федерации случаи внесения изменений в разрешение на строительство не являются исчерпывающими основаниями внесения таких изменений