В браке брали ипотеку, заемщиком являюсь я, муж в квартире не прописан, в разводе 3 года на раздел имущества не подовали

Анастасия, три года - это срок исковой давности (срок, в течение которого можно обратиться в суд за защитой нарушенного права - ст. 195 ГКРФ).

Данный срок исчисляется со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (ст. 200 ГК РФ).

Истечение данного срока лишает истца права на судебную защиту.

При этом, само право собственности остается, только оно лишено возможности судебной защиты.

В вашем же случае, регистрационная служба не дала нарушить право, отказавшись регистрировать сделку.

Кроме того, бывший муж, для того чтобы уйти от срока исковой давности может обратиться с иском о признании имущества совместной собственностью.

Анастасия, вам следует думать про обстоятельства, решающие проблему по существу (ст. 36 СКРФ, ч.4 ст.38 СК РФ и т.д.).