Военнослужащему отказали в жилищном сертификате из-за проживания в другом населенном пункте - является ли это законным?

Нет конечно. Военнослужащие, принятые на учет нуждающихся в жилых помещениях, снимаются с учета в случае: а) подачи ими заявления о снятии с учета; б) утраты оснований, дающих право на получение жилого помещения по договору социального найма; в) получения в установленном порядке от органа государственной власти или органа местного самоуправления бюджетных средств на приобретение или строительство жилого помещения; г) предоставления в установленном порядке от органа государственной власти или органа местного самоуправления земельного участка для строительства жилого дома, за исключением военнослужащих, имеющих трех и более детей; д) выявления в представленных документах в уполномоченный орган сведений, не соответствующих действительности и послуживших основанием для принятия на учет нуждающихся в жилых помещениях, а также неправомерных действий должностных лиц уполномоченного органа при решении вопроса о принятии на учет нуждающихся в жилых помещениях. Оснований, что человек не проживает по месту регистрации нет. Обжалуйте отказ в суде и в прокуратуре.