Не оформлена сделка на покупку квартиры - что делать в случае отсутствия документов и отказа собственника?

А что ж Вы раньше сидели? Попробуйте обратиться в суд, больше вариантов нет.

"Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 19.12.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2017)

Статья 3. Право на обращение в суд

1. Заинтересованное лицо вправе в порядке, установленном законодательством о гражданском судопроизводстве, обратиться в суд за защитой нарушенных либо оспариваемых прав, свобод или законных интересов.

(в ред. Федеральных законов от 30.04.2010 N 69-ФЗ, от 08.03.2015 N 23-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

1.1. Исковое заявление, заявление, жалоба, представление и иные документы могут быть поданы в суд на бумажном носителе или в электронном виде, в том числе в форме электронного документа, подписанного электронной подписью в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, посредством заполнения формы, размещенной на официальном сайте суда в информационно-телекоммуникационной сети "Интернет".

(часть 1.1 введена Федеральным законом от 23.06.2016 N 220-ФЗ)

2. Отказ от права на обращение в суд недействителен.

3. По соглашению сторон подведомственный суду спор, возникший из гражданско-правовых отношений, до принятия судом первой инстанции судебного постановления, которым заканчивается рассмотрение гражданского дела по существу, может быть передан сторонами на рассмотрение третейского суда, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом и федеральным законом.

(часть 3 в ред. Федерального закона от 29.12.2015 N 409-ФЗ)

Здравствуйте.

Договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей.

Так по договору и регистрируйте.