Проблемы с заключением договоров и материальной ответственностью в должности нач. отдела по строительству в случае невыполнения работы

В должности нач. отдела по строительству, в рамках договорных отношений со стороны "Заказчика" обеспечивал комплектацию объекта строительными материалами, при этом выполнял надзор за ходом строительства, т.е. функции куратора. Подрядчик выполнял строительно-монтажные работы из давальческого материала и оборудования, предоставляемого Заказчиком. Однако, работы Подрядчиком не были завершены полностью, так как из-за кражи оборудования на объекте исполнитель работ посчитал, что ему за работу в итоге не будет выплачена полагающаяся по договору сумма, поэтому работу вынужден был бросить. Со своей стороны в одностороннем порядке я инициировал списание израсходованных материалов, в виду необходимости смены подрядчика и завершения работ на объекте. Однако в итоге руководством было принято другое решение. А именно, передать дело в Арбитражный суд, при этом исковое заявление составлено таким образом, чтобы взыскать полную стоимость материалов с Подрядчика по причине неисполнения работы по условиям договора. Проблема состоит в том, что из-за удалённости объекта строительства от склада Заказчика, накладные на отпуск ТМЦ для строительства я вынужден был прежде оформлять на себя и лишь потом переоформлял (т.е. менял для бухгалтерии) на накладные за подписью Подрядчика. Подрядчик не возражает в том, что переданные таким образом стройматериалы полностью использованы при производстве строительно-монтажных работ, а руководство отказывает в подписи Подрядчику документов установленной формы (Акта о приёмке частично выполненных работ и Акта списания израсходованных строительных материалов) так как по факту работа не выполнена полностью при этом усматривает мою вину в плане материальной ответственности. Дело зашло в тупик, но для себя лично я не вижу в таком раскладе ничего хорошего. Что в этой ситуации можно предпринять, дабы не оказаться ещё и виновным? -- Владимир прошу прислать ответ на э/почту.