Можно ли сертификат на покупку квартиры в одном городе купить квартиру в другом городе.

Смотря что имеется в виду. Если речь о регионах приобретения (например, ГЖС) - тогда нет, конечно.

53. Распорядитель счета в пределах срока действия договора банковского счета имеет право приобрести на первичном или вторичном рынках жилья на территории субъекта Российской Федерации, указанного в сертификате, у физических и юридических лиц (одного или нескольких) жилое помещение (жилые помещения), отвечающее требованиям, установленным статьями 15 и 16 Жилищного кодекса Российской Федерации, благоустроенное применительно к условиям населенного пункта, выбранного для постоянного проживания, в том числе в сельской местности (с учетом надворных построек). При этом допускается приобретение доли в праве общей собственности на жилое помещение при условии, что в результате такой сделки жилое помещение полностью поступает в общую долевую собственность распорядителя счета и членов его семьи, определенных в соответствии с пунктом 17 настоящих Правил.