С какой суммы мне нужно платить налог, со всей или с определенной, как при продаже квартиры или автомобиля?

Не со всей.

Физическое лицо продало в 2008 году принадлежащие ему по праву наследования именные бездокументарные ценные бумаги акционерного общества, которые ранее не обращались на организованном рынке ценных бумаг. Налогоплательщик полагает, что, поскольку сделка в налоговом периоде была единственной, а сам он не является "игроком" на рынке ценных бумаг, полученный им доход следует рассматривать в качестве дохода от продажи имущества.

Соответственно в налоговой декларации формы 3-НДФЛ за 2008 год налогоплательщик отразил такой доход на Листе А, а на Листе Ж1 произвел расчет имущественного налогового вычета по доходам от продажи вышеуказанного имущества. Налоговый орган уведомил налогоплательщика о необходимости внесения поправок и представления уточненной декларации 3-НДФЛ за 2008 год, однако налогоплательщик с этим не согласен. Прав ли в данном случае налогоплательщик?

"Таким образом, в отношении доходов, полученных от продажи акций в 2007 году и в последующих налоговых периодах, налоговая база определяется с учетом фактически произведенных и документально подтвержденных расходов на приобретение ранее таких ценных бумаг, а также сумм расходов, связанных с хранением и реализацией указанных акций. При получении ценных бумаг без осуществления расходов по их приобретению, в частности, в порядке дарения и наследования, налогоплательщик при определении налоговой базы по операциям купли-продажи ценных бумаг может учесть расходы по их хранению и реализации".