Основания для оплаты заменяющему сотруднику только 50% ставки в период отпуска.

Все должно быть предусмотрено в Вашем трудовом договоре, согласно -

Статья 60.2. Совмещение профессий (должностей). Расширение зон обслуживания, увеличение объема работы. Исполнение обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором

[Трудовой кодекс РФ] [Глава 10] [Статья 60.2]

С письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (статья 151 настоящего Кодекса).

Поручаемая работнику дополнительная работа по другой профессии (должности) может осуществляться путем совмещения профессий (должностей). Поручаемая работнику дополнительная работа по такой же профессии (должности) может осуществляться путем расширения зон обслуживания, увеличения объема работ. Для исполнения обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику может быть поручена дополнительная работа как по другой, так и по такой же профессии (должности).

Срок, в течение которого работник будет выполнять дополнительную работу, ее содержание и объем устанавливаются работодателем с письменного согласия работника.

Работник имеет право досрочно отказаться от выполнения дополнительной работы, а работодатель - досрочно отменить поручение о ее выполнении, предупредив об этом другую сторону в письменной форме не позднее чем за три рабочих дня.

Доплата за исполнение обязанностей временно отсутствующего работника оговаривается в дополнительном соглашении и может производиться за фактическую выполненную работу или рассчитываться пропорционально отработанному времени (ст. 151 ТК РФ). В приказе о совмещении необходимо указать, как оплачивается замещение на время отпуска и срок, на который оно оформляется.

Доплата за выполнение обязанностей временно отсутствующего работника происходит в размере, указанном в дополнительном соглашении (как договоритесь с работодателем).