Что будет с ипотекой, если уволят военного после окончания контракта?

Окончание контракта не дает Вам использовать накопленные денежные средства на счете и они просто сохранятся на счете. Если Вы заключите новый контракт, то накопления опять будут начисляться.

Закон «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих» Статья 9. Участники накопительно-ипотечной системы 2. Основанием для включения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, в реестр участников является: 14) для военнослужащих, поступивших в добровольном порядке на военную службу из запаса, если они были исключены из реестра участников и не получили выплату денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 статьи 4 настоящего Федерального закона, или не воспользовались правом стать участниками накопительно-ипотечной системы, — заключение нового контракта о прохождении военной службы (пункт дополнительно включен с 30 июня 2011 года Федеральным законом от 28 июня 2011 года N 168-ФЗ, распространяется на правоотношения, возникшие с 1 января 2005 года);

Никто за него, в том числе Минобороны, в случае увольнения не будет погашать ипотеку. Будете платить Вы из собственных средств. Нужно заключать новый контракт, тогда накопления будут начисляться.

Федеральный закон от 20.08.2004 N 117-ФЗ (ред. от 07.03.2017) "О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих"

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:

а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;

б) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;

в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;

г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;

3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;

4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.