Нужно ли мне как либо доказывать военкомату что я учился в МФЮА одновременно с обучением в МИФИ?

Факта обучения в одном ВУЗе достаточно для получения отсрочки. Не сомневаюсь, что вы знакомы с текстом статьи, но тем не менее:

2. Право на получение отсрочки от призыва на военную службу имеют также граждане:

а) обучающиеся по очной форме обучения в:

государственных, муниципальных или имеющих государственную аккредитацию негосударственных образовательных учреждениях основного общего и среднего (полного) общего образования,

- на время обучения, но до достижения указанными гражданами возраста 20 лет;

государственных, муниципальных или имеющих государственную аккредитацию по соответствующим направлениям подготовки (специальностям) негосударственных образовательных учреждениях начального профессионального, среднего профессионального и высшего профессионального образования, - на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ.

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу для получения профессионального образования сохраняется за гражданами в случае их повторного поступления в образовательное учреждение того же уровня (при условии их обучения не более трех лет в предыдущем образовательном учреждении того же уровня) или однократного перевода в образовательное учреждение того же уровня, а также в случае однократного использования ими академического отпуска.

Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу не распространяется на граждан, отчисленных из образовательных учреждений за нарушение их уставов или правил внутреннего распорядка.

Граждане вправе воспользоваться предусмотренной настоящим подпунктом отсрочкой от призыва на военную службу не более двух раз (для получения образования данного и более высокого уровня);