Может ли стоять урок химии в 10 классе 6 уроком?

А какие Санпин запрещают ставить именно урок химии 6-м уроком?

И при чём тут вообще баллы? Баллы вообще не имеют никакого отношения

Ничто не запрещает.

Вы имеете ввиду вот этот документ:

Постановление Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 29 декабря 2010 г. N 189 г. Москва "Об утверждении СанПиН 2.4.2.2821-10 "Санитарно-эпидемиологические требования к условиям и организации обучения в общеобразовательных учреждениях""

Регистрационный N 19993

10.6. Образовательную недельную нагрузку необходимо равномерно распределять в течение учебной недели, при этом объем максимальной допустимой нагрузки в течение дня должен составлять:

- для обучающихся 1-х классов не должен превышать 4 уроков и 1 день в неделю - не более 5 уроков за счет урока физической культуры;

- для обучающихся 2 - 4-х классов - не более 5 уроков, и один раз в неделю 6 уроков за счет урока физической культуры при 6-дневной учебной неделе;

- для обучающихся 5 - 6-х классов - не более 6 уроков;

-для обучающихся 7 - 11-х классов - не более 7 уроков.

Для обучающихся 1-х классов наиболее трудные предметы должны проводить на 2-м уроке; 2 - 4-х классов - 2 - 3-м уроках; для обучающихся 5 - 11-х классов на 2 - 4-м уроках.

Десятый класс - не выпускной. Но, тем не менее, задайте этот вопрос директору и Управлению образования. Вопросы действительно имеют место быть.