Принятие выписки из трудовой вместо трудовой книжки судьей - противоречие ГПК или процессуальное нарушение?

Исходя из вопроса есть противоречия. Согласно ст.67 ГПК РФ суд должен оценивать относимость и допустимость каждого доказательства. В любом случае несоблюдение данных условий, в последствии будет иметь возможность отменить незаконное решение.

"Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 29.07.2017) (с изм. и доп., вступ. В силу с 10.08.2017)

Статья 67. Оценка доказательств

1. Суд оценивает доказательства по своему внутреннему убеждению, основанному на всестороннем, полном, объективном и непосредственном исследовании имеющихся в деле доказательств.

2. Никакие доказательства не имеют для суда заранее установленной силы.

3. Суд оценивает относимость, допустимость, достоверность каждого доказательства в отдельности, а также достаточность и взаимную связь доказательств в их совокупности.

4. Результаты оценки доказательств суд обязан отразить в решении, в котором приводятся мотивы, по которым одни доказательства приняты в качестве средств обоснования выводов суда, другие доказательства отвергнуты судом, а также основания, по которым одним доказательствам отдано предпочтение перед другими.

5. При оценке документов или иных письменных доказательств суд обязан с учетом других доказательств убедиться в том, что такие документ или иное письменное доказательство исходят от органа, уполномоченного представлять данный вид доказательств, подписаны лицом, имеющим право скреплять документ подписью, содержат все другие неотъемлемые реквизиты данного вида доказательств.

6. При оценке копии документа или иного письменного доказательства суд проверяет, не произошло ли при копировании изменение содержания копии документа по сравнению с его оригиналом, с помощью какого технического приема выполнено копирование, гарантирует ли копирование тождественность копии документа и его оригинала, каким образом сохранялась копия документа.

7. Суд не может считать доказанными обстоятельства, подтверждаемые только копией документа или иного письменного доказательства, если утрачен и не передан суду оригинал документа, и представленные каждой из спорящих сторон копии этого документа не тождественны между собой, и невозможно установить подлинное содержание оригинала документа с помощью других доказательств.

Всего хорошего.