Как определить, является ли квартира служебной на основе договора коммерческой аренды и выписки из регистрационной палаты?

Вот именно - Или как! Вы же написали, что квартира находится в собственности ООО (Общества с ограниченной ответственностью". Следовательно, квартира эта не служебная, а частная. Право найма и его условия определены и установлены в договоре жилищного найма. Служебным жильем может быть жилое помещение, являющееся государственной или муниципальной собственностью (из ЖК РФ, Статья 92. Виды жилых помещений специализированного жилищного фонда

1. К жилым помещениям специализированного жилищного фонда (далее - специализированные жилые помещения) относятся:

1) служебные жилые помещения;

2) жилые помещения в общежитиях;

3) жилые помещения маневренного фонда;

4) жилые помещения в домах системы социального обслуживания населения;

5) жилые помещения фонда для временного поселения вынужденных переселенцев;

6) жилые помещения фонда для временного поселения лиц, признанных беженцами;

7) жилые помещения для социальной защиты отдельных категорий граждан.

2. В качестве специализированных жилых помещений используются жилые помещения государственного и муниципального жилищных фондов. Использование жилого помещения в качестве специализированного жилого помещения допускается только после отнесения такого помещения к специализированному жилищному фонду с соблюдением требований и в порядке, которые установлены уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти, за исключением случаев, установленных федеральными законами. Включение жилого помещения в специализированный жилищный фонд с отнесением такого помещения к определенному виду специализированных жилых помещений и исключение жилого помещения из указанного фонда осуществляются на основании решений органа, осуществляющего управление государственным или муниципальным жилищным фондом.)