Истечение сроков для составления протокола о штрафе по ст. 119 НК РФ - какие шаги предпринять?

Согласно части 1 статьи 113 Налогового кодекса РФ, лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение налогового правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после окончания налогового (расчетного) периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности истекли три года (срок давности). Исчисление срока давности со дня совершения налогового правонарушения применяется в отношении всех налоговых правонарушений, кроме предусмотренных статьями 120 и 122 настоящего Кодекса.

Исходя из буквального толкования указанной нормы, трехлетний срок привлечения к ответственности начинает течь с того момента, как Вами был нарушен срок представления налоговой декларации: декларация подлежала представлению до 30.04.2016 года (суббота), соответственно, с учетом выходных дней срок давности составления протокола и привлечения к ответственности исчисляется с 03.05.2016 года по 03.05.2019 года. Аналогичная позиция поддерживается и судебной практикой (см., например, Постановление Президиума ВАС РФ от 22.02.2011 года № 13447/2010).

То обстоятельство, что Вы 10.03.2017 года по тому же налоговому периоду подали уточненную декларацию, не имеет правового значения, поскольку срок подачи декларации был нарушен изначально.