Купили квартиру по военной ипотеке в браке - как будут делиться дополнительные денежные средства после расторжения брака?

Да.

Вы должны будете доплатить за квартиру.

Поскольку Вы по суду собственник квартиры согласно ст. 13 ГПК РФ.

Вступившие в законную силу судебные постановления, а также законные распоряжения, требования, поручения, вызовы и обращения судов являются обязательными для всех без исключения органов государственной власти, органов местного самоуправления, общественных объединений, должностных лиц, граждан, организаций и подлежат неукоснительному исполнению на всей территории Российской Федерации.

А неполная оплата её лежит на Вас и бывшем супруге.

Право собственности Вы защитили.

Но саму недвижимость не оплатили.

Что касается расходов, полученных от государства, то ни не делятся.

Т. е. бывший супруг может обратиться в суд.

Отказ от права на обращение в суд недействителен согласно ст. 3 ГПК РФ

Но там ждёт его отказ.

Если данная квартира признана на основании решения суда совместной собственностью ст 34 СК РФ,то автоматически на вас не переходит обязанность по оплате половины оставшейся суммы ипотеки. Чтобы вы выплачивали половину бывший муж должен подать иск в суде о разделе обязательства по оплате ипотеки стст 38 и 39 СК РФ Что касается возможности отсуживания половины суммы выделенной государством, то такой возможности нет по причине что деньги были выделены государством Если бы бывший муж оплачивал бы из собственных средств, то тогда он мог бы отсудить половину