Декабрь 2017 г. - аудиторская проверка и изменения в договоре поставки в гособоронзаказу

ДА, это возможно. При этом в тексте договора сделайте ссылку на п.2 ст. 425 ГК РФ

Статья 425 ГК РФ. Действие договора

2. Стороны вправе установить, что условия заключенного ими договора применяются к их отношениям, возникшим до заключения договора, если иное не установлено законом или не вытекает из существа соответствующих отношений.