В первом договоре на покупку квартиры был указан первоначальный взнос (выплачен).

Уважаемый Евгений!Полагаю,что Вы заключили договор долевого участия в жилищном строительстве.Вам следовало настаивать на определении цены за кв.м общей площади квартиры,которая должна быть неизменной на весь период действия договора,который должен прекращать своё действие после получения Вами права собственности на квартиру.Изменяется только метраж с учётом погрешностей при строительстве по сравнению с проектом ,что выявляется после контрольного обмера помещений,причём как в сторону доплаты,так и возврата сумм дольщику.Действительно,после того,как дом принят Госкомиссией по акту,квартира передана по акту дольщику должен быть заключён договор купли-продажи квартиры между Вами и представителем продавца(застройщика, дольщика или субдольщика либо генподрядчика-то есть тем,с кем Вы ранее заключали договор долевого участия в жилищном строительстве).Если такой договор удостоверяется нотариусом,то за удостоверение договора уплачивается госпошлина в размере 1,5% от стоимости квартиры по договору,что установлено ФЗ от 31.12.95г. №226-ФЗ"О внесении изменений и дополнений в Закон РФ"О государственной пошлине" с последующими изменениями и дополнениями.Однако такой договор совсем не обязательно удостоверять нотариально согласно ст.550 ГК РФ,достаточно простой письменной формы и совместно с представителем продавца сдать его в орган юстиции,который в Вашем городе производит государственную регистрацию прав на недвижимость.