Она написала заявление по уходу за ребенком на 3 года, мы выплачивали ей декретные и пособия.

но она собралась в декрет и мы не смогли ее уволить

Это как?

С работником заключен как я понял срочный трудовой договор.

ТК РФ - Статья 261. Гарантии беременным женщинам, женщинам, имеющим детей, и лицам, воспитывающим детей без матери, при расторжении трудового договора

В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности. Женщина, срок действия трудового договора с которой был продлен до окончания беременности, обязана по запросу работодателя, но не чаще чем один раз в три месяца, предоставлять медицинскую справку, подтверждающую состояние беременности. Если при этом женщина фактически продолжает работать после окончания беременности, то работодатель имеет право расторгнуть трудовой договор с ней в связи с истечением срока его действия в течение недели со дня, когда работодатель узнал или должен был узнать о факте окончания беременности.

Далее - какое заявление по уходу за ребенком до 3 лет ?

Вы должны были её уволить уже давно.

У вас не хозрасчет, а хозубыток.

Как вы теперь будете выкручиваться из этой ситуации представить сложно.