Мы с братом владеем трехкомнатной квартирой твоем. По 1/2. Оба прописаны. Я должна отдать ему стоимость его доли. Как посчитать?

Вы ему ничего не должны. Но если хотите продать ему свою долю в праве на квартиру, то цену устанавливаете Вы сами, а он ее либо принимает, либо не принимает. Вы либо договариваетесь, либо нет.

Тоже самое и в случае наоборот, когда он хочет продать Вам долю, в Вы ее хотите купить.

Вариантов несколько: вы можете в общедоступных источниках прикинуть рыночную стоимость аналогичной квартиры и высчитать 1/2, или же обратиться к профессиональному оценщику, который сделает отчет об оценке стоимости 1/2 доли.

Участник долевой собственности вправе по своему усмотрению продать, подарить, завещать, отдать в залог свою долю либо распорядиться ею иным образом с соблюдением при ее возмездном отчуждении следующих правил. При продаже доли в праве общей собственности постороннему лицу остальные участники долевой собственности имеют преимущественное право покупки продаваемой доли по цене, за которую она продается, и на прочих равных условиях. Продавец доли обязан известить в письменной форме остальных участников долевой собственности о намерении продать свою долю постороннему лицу с указанием цены и других условий, на которых продает ее. Если остальные участники долевой собственности откажутся от покупки или не приобретут продаваемую долю в праве собственности на недвижимое имущество в течение месяца, а в праве собственности на движимое имущество в течение десяти дней со дня извещения, продавец вправе продать свою долю любому лицу. При продаже доли с нарушением преимущественного права покупки любой другой участник долевой собственности имеет право в течение трех месяцев требовать в судебном порядке перевода на него прав и обязанностей покупателя. Уступка преимущественного права покупки доли не допускается. Эти правила применяются также при отчуждении доли по договору мены. (ст.ст. 246, 250 ГК РФ)