Вопрос по недостаче в торговой организации - необходимость обратиться к экспертам в суде

Я хочу вопрос задать от имени торговой организации. В результате инвентаризации выявлена большая сумма недостачи. Руководитель подал в суд на возмещение, т.к. они не признают своей вины, во всём винят программное обеспечение. Программное обеспечение в магазине установлено год назад, еще до сих пор программисты её дорабатывают. Но при этом в бухгалтерию сдается отчет товарно-материальный с приложением всех подтверждающих документов. В программе у них конечно "бардак", т.к. товар не своевременно заносится,Z-отчеты не проводятся своевременно, поэтому когда мы сделали инвентаризационную опись, то в графе по их бух. учету очень много отражено в недостаче и сумма в итоге была еще больше недостачи. Но мы при расчете суммы недостачи считали их фактические остатки, которые при инвентаризации были сосчитаны и остатки по отчету, который зав. магазином нам делала. В бухгалтерии программа отличная от магазина, пока нет общей базы. В суд нам пришлось предоставить все первичные документы за межинвентаризационный период, и посоветовал судья обратиться к экспертам для проверки. Но неужели суду недостаточно той информации, которую мы предоставили? Ведь отчет сдавался материально-ответственным лицом, документы все подписаны при приемке товара.