Если я куплю квартиру у отца по программе молодая семья, 35% начисляют с какой суммы?

Непонятно, о чем речь. При такой купле-продаже не образуется доходов, которые могли бы облагаться по указанной ставке.

Статья 224 НК РФ.

Налоговые ставки (действующая редакция)

2. Налоговая ставка устанавливается в размере 35 процентов в отношении следующих доходов:

стоимости любых выигрышей и призов, получаемых в проводимых конкурсах, играх и других мероприятиях в целях рекламы товаров, работ и услуг, в части превышения размеров, указанных в пункте 28 статьи 217 настоящего Кодекса;

процентных доходов по вкладам в банках, находящихся на территории Российской Федерации, доходов в виде процента (купона) по обращающимся облигациям российских организаций, номинированным в рублях, налоговая база по которым определяется в соответствии со статьей 214.2 настоящего Кодекса;

суммы экономии на процентах при получении налогоплательщиками заемных (кредитных) средств в части превышения размеров, указанных в пункте 2 статьи 212 настоящего Кодекса;

доходов в виде платы за использование денежных средств членов кредитного потребительского кооператива (пайщиков), а также процентов за использование сельскохозяйственным кредитным потребительским кооперативом средств, привлекаемых в форме займов от членов сельскохозяйственного кредитного потребительского кооператива или ассоциированных членов сельскохозяйственного кредитного потребительского кооператива, налоговая база по которым определяется в соответствии со статьей 214.2.1 настоящего Кодекса.