Как решить проблему отсутствия патента в базе данных Единого миграционного центра?

Это не Ваши проблемы. Вы предоставили документы Должны внести в базу. Технические проблемы - это проблемы не Ваши, а их. Можете обратиться в суд с заявлением о признании действий незаконными в порядке ст.218,219 КАС РФ.

Приказ ФМС России от 15.01.2015 N 5 (ред. от 08.12.2015) "Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по оформлению и выдаче иностранным гражданам патентов" (Зарегистрировано в Минюсте России 27.02.2015 N 36317)

В том что данных о вашем патенте нет в базе данных не существует вашей вины Вы не несете ответственности за технический сбой Пишите заявление на имя руководителя Единого миграционного центра с требованием включить информацию о вашем патенте в базу данных В случае же отказа на основании статьи 10 ФЗ О прокуратуре РФ напишите жалобу в прокуратуру.

Патент у Вас действительный, в независимости от того, внесен он в базу или нет. Если патент получался на ОДИН год, то не имеет смысла что то предпринимать, просто по истечении срока действия старого патента, получите новый, который внесен в базу. ОСНОВНОЕ, то что Ваш патент получен на законных основаниях и оснований для признания его недействительным не имеется. Приказ ФМС России от 15.01.2015 N 5 (ред. от 08.12.2015) "Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по оформлению и выдаче иностранным гражданам патентов" (Зарегистрировано в Минюсте России 27.02.2015 N 36317)