Могут ли обучающего удалить с экзамена ЕГЭ за то, что он делал пометки на руке?

Такой шанс есть, если апелляцию удовлетворят.

Приказ Минобрнауки России от 26.12.2013 N 1400 (ред. от 09.01.2017) "Об утверждении Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам среднего общего образования"

83. При рассмотрении апелляции о нарушении устанавливаемого порядка проведения ГИА конфликтная комиссия рассматривает апелляцию и заключение о результатах проверки и выносит одно из решений:

об отклонении апелляции;

об удовлетворении апелляции.

При удовлетворении апелляции результат ГИА, по процедуре которого обучающимся, выпускником прошлых лет была подана апелляция, аннулируется и обучающемуся, выпускнику прошлых лет предоставляется возможность сдать экзамен по учебному предмету в иной день, предусмотренный расписаниями проведения ЕГЭ, ГВЭ.

75. Обучающимся, не прошедшим ГИА или получившим на ГИА неудовлетворительные результаты более чем по одному обязательному учебному предмету, либо получившим повторно неудовлетворительный результат по одному из этих предметов на ГИА в дополнительные сроки, предоставляется право пройти ГИА по соответствующим учебным предметам не ранее 1 сентября текущего года в сроки и в формах, устанавливаемых настоящим Порядком. Для прохождения повторной ГИА обучающиеся восстанавливаются в организации, осуществляющей образовательную деятельность, на срок, необходимый для прохождения ГИА.