Таможенник по приказу начальника пропустил нелегального что грозит ему за это?

Здравствуйте, Миша!

Уголовная ответственность Вам здесь вряд ли грозит, поскольку для этого необходимо, что общая сумма неуплаченных платежей составила 1 млн. руб., если у вас нет или больше тогда всё решит суд.

А так, ответственность будет только административная:

«Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях» от 30.12.2001 N 195-ФЗ (ред. от 02.06.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 13.06.2016) КоАП РФ, Статья 16.2. Недекларирование либо недостоверное декларирование товаров 1. Недекларирование по установленной форме товаров, подлежащих таможенному декларированию, за исключением случаев, предусмотренных статьей 16.4 настоящего Кодекса, — влечет наложение административного штрафа на граждан и юридических лиц в размере от одной второй до двукратного размера стоимости товаров, явившихся предметами административного правонарушения, с их конфискацией или без таковой либо конфискацию предметов административного правонарушения; на должностных лиц — от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей. 2. Заявление декларантом либо таможенным представителем при таможенном декларировании товаров недостоверных сведений об их наименовании, описании, классификационном коде по единой Товарной номенклатуре внешнеэкономической деятельности Таможенного союза, о стране происхождения, об их таможенной стоимости либо других сведений, если такие сведения послужили или могли послужить основанием для освобождения от уплаты таможенных пошлин, налогов или для занижения их размера, — влечет наложение административного штрафа на граждан и юридических лиц в размере от одной второй до двукратной суммы подлежащих уплате таможенных пошлин, налогов с конфискацией товаров, явившихся предметами административного правонарушения, или без таковой либо конфискацию предметов административного правонарушения; на должностных лиц — от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей. 3. Заявление декларантом или таможенным представителем при таможенном декларировании товаров недостоверных сведений о товарах либо представление недействительных документов, если такие сведения или документы могли послужить основанием для несоблюдения установленных международными договорами государств — членов Таможенного союза, решениями Комиссии Таможенного союза и нормативными правовыми актами Российской Федерации, изданными в соответствии с международными договорами государств — членов Таможенного союза, запретов и ограничений, — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей с конфискацией товаров, явившихся предметами административного правонарушения, или без таковой либо конфискацию предметов административного правонарушения; на должностных лиц — от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на юридических лиц — от ста тысяч до трехсот тысяч рублей с конфискацией товаров, явившихся предметами административного правонарушения, или без таковой либо конфискацию предметов административного правонарушения.

Удачи Вам и всего доброго!