Какой период выбрать для подачи иска по статье 395 - за 3 года или за весь период (2009-2017)?

Если должник совершил действия, которые хоть и направлены на исполнение обязательства, но при этом нарушают его условия, например о сроке исполнения, или требования закона, такое исполнение является ненадлежащим.

Срок исковой давности по требованию о взыскании неустойки (статья 330 ГК РФ) или процентов, подлежащих уплате по правилам статьи 395 ГК РФ, исчисляется отдельно по каждому просроченному платежу, определяемому применительно к каждому дню просрочки.

Ст. 330 ГК РФ: Неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения. По требованию об уплате неустойки кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков.

Ст. 395 ГК РФ: В случаях неправомерного удержания денежных средств, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате подлежат уплате проценты на сумму долга. Размер процентов определяется ключевой ставкой Банка России (с марта 2018 г. - 7,25%), действовавшей в соответствующие периоды. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором.

Сумма процентов, подлежащих взысканию по правилам статьи 395 ГК РФ, определяется на день вынесения решения судом исходя из периодов, имевших место до указанного дня. Проценты за пользование чужими денежными средствами по требованию истца взимаются по день уплаты этих средств кредитору. Одновременно с установлением суммы процентов, подлежащих взысканию, суд при наличии требования истца в резолютивной части решения указывает на взыскание процентов до момента фактического исполнения обязательства (пункт 3 статьи 395 ГК РФ). При этом день фактического исполнения обязательства, в частности уплаты задолженности кредитору, включается в период расчета процентов.